23 января 2018 года. На форуме журнала «Новости космонавтики» появилось сообщение, что в основной экипаж ТПК «Союз МС-16» может быть включена астронавт НАСА Джессика Меир.
3 апреля 2019 года на заседании Межведомственной комиссии (МВК) в основной экипаж МКС-63/64 были назначены Николай Тихонов и Андрей Бабкин, а в дублирующий экипаж - Анатолий Иванишин и Иван Вагнер.
12 апреля 2019 года. Информированный источник агентства «Интерфакс» сообщил, что Джессика Меир сменила Криса Кэссиди в экипаже корабля «Союз МС-15».
12 июня 2019 года. В ракетно-космическом центре «Прогресс» сообщили агентству ТАСС, что ракета-носитель «Союз-2.1а», предназначенная для запуска пилотируемого корабля «Союз МС-16», находится на изготовлении. Срок сдачи ракеты-носителя заказчику намечен на конец 2019 года. Дата транспортировки ракеты на космодром будет определяться госкорпорацией «Роскосмос».
27 июня 2019 года в официальном журнале «Роскосмоса» «Русский космос» опубликовано сообщение о том, что в основной экипаж корабля Союз МС-16 вошли Николай Тихонов, Андрей Бабкин и Акихико Хосиде. В дублирующий состав вошли Анатолий Иванишин, Иван Вагнер и Крис Кэссиди.
11 октября 2019 года. Источник в ракетно-космической отрасли сообщил РИА Новости, что первый старт ракеты-носителя «Союз-2.1а» с экипажем МКС, запланированный на 20 марта 2020 года, могут перенести на 9 апреля. По сообщению агентства, в основной экипаж входят Николай Тихонов, Андрей Бабкин и Крис Кэссиди.
30 октября 2019 года в сообщении НАСА для СМИ M19-124 было официально объявлено о назначении Криса Кэссиди в основной экипаж корабля «Союз МС-16». Тогда же официально сменился номер экспедиции. Из-за задержки с запуском американских пилотируемых кораблей она получила обозначение МКС-62/63.
18 ноября 2019 года. В разделе на сайте ЦПК, посвященному находящемся на подготовке экипажам, дублером Криса Кэссиди в экипаж корабля «Союз МС-16» был указан астронавт Стивен Боуэн.
21 ноября 2019 года. Назначение Стивена Боуэна в дублирующий экипаж ТПК «Союз МС-16» подтверждено в отчете о тренировке дублирующего экипажа МКС-62/63.
27 ноября 2019 года. Транспортный пилотируемый корабль «Союз МС-16» доставлен на космодром Байконур для проведения предполетной подготовки. Специалисты РКК «Энергия» и КЦ «Южный» выгрузили космический корабль из вагона и установили в монтажно-испытательном корпусе для приемки изделия и консервации. В режиме хранения пилотируемый корабль будет находиться до начала подготовки изделия на техническом комплексе.
28 января 2020 года. Транспортный пилотируемый корабль «Союз МС-16» расконсервирован и установлен в стенд технического комплекса для выполнения плановых операций начального этапа наземной подготовки.
19 февраля 2020 года. После того, как ранее Николай Тихонов, командир основного экипажа корабля «Союз МС-16», получил травму глаза, по медицинским показаниям была произведена замена основного экипажа дублирующим. При этом в основной экипаж были переведены только российские космонавты Анатолий Иванишин и Иван Вагнер. В дублирующий экипаж были включены Сергей Рыжиков и Андрей Бабкин
27 февраля 2020 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» продолжают работу в соответствии с графиком предполетных испытаний ТПК «Союз МС-16». Корабль проходит автономные испытания, успешно завершая цикл проверочных включений служебной аппаратуры, диагностику электронно-вычислительного и радионавигационного оборудования, контроль герметичности и тестирование бортовых систем.
11 марта 2020 года. В Центре подготовки космонавтов экипажи МКС-63 приступили к сдаче экзаменационных комплексных тренировок (ЭКТ). Сначала в 8 часов 20 минут дублирующий экипаж в составе Сергея Рыжикова и Андрея Бабкина и Стивена Боуэна приступил к ЭКТ на ТПК «Союз». Затем основной экипаж в составе Анатолия Иванишина, Ивана Вагнера и Кристофера Кэссиди приступил к ЭКТ на российском сегменте Международной космической станции (РС МКС).
12 марта 2020 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина проходит второй день ЭКТ. Первым к ЭКТ на тренажёре ТПК «Союз» приступил основной экипаж МКС-63 в составе Анатолия Иванишина, Ивана Вагнера и Кристофера Кэссиди. Затем началась ЭКТ у дублирующего экипажа в составе Сергея Рыжикова и Андрея Бабкина и Стивена Боуэна на РС МКС
13 марта 2020 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» и КЦ «Южный» завершили испытания на герметичность ТПК «Союз МС-16» в вакуумной камере монтажно-испытательного комплекса площадки 254. Цикл испытаний крупногабаритной космической техники в вакуумной камере с использованием гелиево-воздушной среды в проверяемых объемах является наиболее объективным методом контроля жестких требований к герметичности отсеков и бортовых систем в наземных условиях.
19 марта 2020 года. В монтажно-испытательном комплексе площадки 254 космодрома Байконур специалисты РКК «Энергия» и КЦ «Южный» успешно выполнили плановую операцию «контрольной засветки» солнечных батарей системы бортового энергоснабжения корабля. Проверка функционирования панелей солнечных батарей предусматривает штатное развертывание секций фотоэлементов и их искусственное облучение мощными светильниками для контрольного снятия параметров электрической цепи преобразователей солнечной энергии. Кроме того, продолжается установка специального оборудования спускаемого аппарата и подготовка индивидуального снаряжения экипажа.
23 марта 2020 года. На заседании Межведомственной комиссии были подведены итоги готовности к космическому полёту основного и дублирующего экипажей МКС-63. В состав комиссии вошли представители Госкорпорации
«Роскосмос», Центра подготовки космонавтов, ПАО РКК «Энергия», Федерального медико-биологического агентства, НАСА. По заключению комиссии, основной и дублирующий экипажи к выполнению полёта по программе 63-й экспедиции на ТПК «Союз МС» и российском сегменте МКС подготовлены и могут приступить к заключительному этапу предстартовой подготовки на космодроме Байконур.
24 марта 2020 года. Основной (самолетом Ту-204-300 RA-64044 «Юрий Гагарин») и дублирующий (самолетом Ту-204-300 RA-64045 «Сергей Королёв») экипажи ТПК «Союз МС-16» прибыли на космодром Байконур для завершения предполетной подготовки по программе 62-й и 63-й основных экспедиций к Международной космической станции. На аэродроме «Крайний» их встретили члены технического руководства и Государственной комиссии. Командиры экипажей доложили руководству о готовности к предполётным тренировкам и приему космического корабля «Союз МС-16». Затем космонавты и астронавты направились в Испытательный учебно-тренировочный комплекс ЦПК им. Ю.А. Гагарина, где им предстоит пройти полный цикл предполётных тренировок и ежедневных медицинских обследований.
25 марта 2020 года. На космодроме Байконур основной и дублирующий экипажи ТПК «Союз МС-16» прибыли в монтажно-испытательный корпус 254-й площадки космодрома для прохождения первой тренировки («примерки») в транспортном пилотируемом корабле «Союз МС-16». В ходе тренировки экипажи ознакомился с местами размещения грузов в бытовом отсеке и спускаемом аппарате, выполнили работу с оборудованием. Согласно плану тренировки эти операции были отработаны без скафандров. Затем экипажи выполнили надевание скафандров, проверили их герметичность и сделали запись медицинских параметров.
26 марта 2020 года. На космодроме Байконур состоялось заседание технического руководства, на котором принято решение о допуске ТПК «Союз МС-16» к заправке. Cпециалисты РКК «Энергия» и профильных предприятий «Роскосмоса» приступают к плановым операциям по заправке космического корабля топливными компонентами и сжатыми газами.
28 марта 2020 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» завершили операции по заправке ТПК «Союз МС-16» компонентами топлива и сжатыми газами. После заправки корабль был доставлен в монтажно-испытательный комплекс и установлен в динамический стенд для проведения дальнейших предстартовых работ.
30 марта 2020 года. В соответствии с графиком подготовки специалисты РКК «Энергия» и профильных предприятий «Роскосмоса» выполнили комплекс технологических операций по стыковке ТПК «Союз МС-16» с переходным отсеком (ПхО) блока третьей ступени ракеты-носителя. ПхО входит в состав космической головной части и обеспечивает механическую связь корабля с головным обтекателем, а также интеграцию командного интерфейса «Союз МС-16» в бортовую систему управления «Союз-2.1а».
1 апреля 2020 года. В соответствии с графиком подготовки специалисты РКК «Энергия» и профильных предприятий «Роскосмоса» провели авторский осмотр ТПК «Союз МС-16» на стенде монтажно-испытательного комплекса, выполнили технологические операции по накатке головного обтекателя и проверили стартовую готовность корабля в составе космической головной части.
На 17-й площадке космодрома Байконур продолжился заключительный этап подготовки экипажа МКС-63 к космическому полету. 1 апреля космонавты и астронавты отработали тренировку по ручному сближению ТПК «Союз МС» к МКС, тем самым закрепив навыки для последующей работы в космическом пространстве. Кроме того у основного экипажа прошла практическая подготовка к факторам космического полета, включая испытания на вестибулярную устойчивость на вращающемся кресле и гемодинамические тренировки на ортостоле.
3 апреля 2020 года. На космодроме Байконур на 254-й площадке космодрома Байконур в соответствии с планом предстартовой подготовки основной и дублирующий экипажи МКС-63 приступили к осмотру финальной конфигурации ТПК «Союз МС-16». После вводного инструктажа космонавты и астронавты ознакомились с составом, размещением грузов и снаряжения в спускаемом аппарате и бытовом отсеке. Окончив осмотр корабля, экипажи доложили об отсутствии замечаний по результатам контрольной «примерки» и поблагодарили всех специалистов за работу.
4 апреля 2020 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» и профильных предприятий
«Роскосмоса» успешно выполнили комплекс технологических операций по общей сборке ракеты космического назначения «Союз-2.1а» с ТПК «Союз МС-16» в монтажно-испытательном комплексе площадки 31 космодрома Байконур. По итогам последующего заседания техническое руководство и Государственная комиссия выдали заключение о готовности ракетно-космического комплекса к вывозу и установке ракеты на стартовой позиции 6 апреля.
6 апреля 2020 года. Утром ракета космического назначения (РКН) «Союз-2.1а» с ТПК «Союз МС-16» вывезена из монтажно-испытательного корпуса ракеты-носителя и установлена в стартовом сооружении площадки 31 космодрома Байконур. Пусковые расчеты приступили к выполнению технологических операций по предполетным испытаниям систем и агрегатов РКН с проверкой взаимодействия бортового и наземного оборудования ракетно-космического комплекса.
8 апреля 2020 года. Государственная комиссия по проведению лётных испытаний пилотируемых космических комплексов под председательством генерального директора Госкорпорации «Роскосмос» Дмитрия Рогозина утвердила составы основного и дублирующего экипажей пилотируемого корабля «Союз МС-16». Кроме того, подтверждена готовность ракеты-носителя «Союз-2.1а» и наземной инфраструктуры к запуску по программе Международной космической станции.
В состав основного экипажа вошли Анатолий Иванишин, Иван Вагнер и Кристофер Кэссиди, в состав дублирующего — Сергей Рыжиков, Андрей Бабкин и Стивен Боуэн.
9 апреля 2020 года. В 08:05:06.463 UTC (11:05:06.463 мск) с ПУ № 6 площадки № 31 космодрома Байконур стартовыми командами Госкорпорации «Роскосмос» осуществлен пуск РН «Союз-2.1а» № В15000-042 с пилотируемым космическим кораблем «Союз МС-16» [ISS-62S]. В 08:13:56 UTC (11:13:56 мск) космический корабль «Союз МС-16» успешно отделился от 3-й ступени носителя и вышел на околоземную орбиту.
Спустя 6 часов после старта, в 14:13 UTC (17:13 мск) ТПК «Союз МС-16» в штатном режиме пристыковался к модулю «Поиск» российского сегмента Международной космической станции. Сближение выполнялось в автоматическом режиме под контролем специалистов Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полётами. В 16:30 UTC (19:30 мск) после открытия переходных люков экипаж ТПК «Союз МС-16» перешел на борт МКС.
21 октября 2020 года. в 20:26 UTC (23:26 мск) были закрыты переходные люки между кораблем и МИМ «Поиск». В 23:32 UTC (22 октября в 02:32 мск) корабль «Союз МС-16» с экипажем в составе Анатолия Иванишина, Ивана Вагнера и Криса Кэссиди в штатном режиме отстыковался от модуля «Поиск» российского сегмента МКС. 22 октября в 02:00:51 UTC (05:00:51 мск) прошла команда на включение двигателя на торможение, и он проработал более 4,5 минут. В 02:28 UTC (05:28 мск) произошло разделение отсеков ТПК «Союз МС-16». В 02:54:12 UTC (05:54:12 мск) спускаемый аппарат ТПК «Союз МС-16» совершил посадку в казахстанской степи юго-восточнее города Жезказган.
Продолжительность полета составила
.