Эмблема миссии «STS-39»
Форма эмблемы миссии в виде наконечника стрелы отражает устремления по выполнению программы полета: изучение атмосферы и космической окружающей обстановки по программе Министерства обороны. Национальный символ США отражает созвездие Орла, словно распростершего сияющие крылья, как защиту, над Землей. «Спейс шаттл» огибает линии спектра, символизирующие рентгеновское, ультрафиолетовое и инфракрасное излучение, изучаемое различными научными приборами. Эмблема разработана экипажем корабля.
Описание эмблемы - Леон Розенблюм