Первые предложения по дизайну эмблемы внес в феврале 2011 года командир экипажа Олег Новицкий. Более подробный эскиз эмблемы выполнил в декабре 2011 года бортинженер корабля Евгений Тарелкин. Завершил дизайн пэтча художник из Нидерландов Люк ван ден Абелен (Luc van den Abeelen). Эмблема была утверждена Роскосмосом и Центром подготовки космонавтов 12 апреля 2012 года. Изображение эмблемы корабля «Союз ТМА-06М» появилось в интернете на сайте collectSPACE 19 июня 2012 года.
На эмблеме на фоне голубого земного шара показан космический корабль «Союз», идущий на стыковку с Международной космической станцией. Золотистые панели солнечных батарей МКС стилизованы под римскую цифру XXXIII, обозначающую номер 33-й основной экспедиции, которую начинает экипаж. По окружности эмблемы нанесены фамилии космонавтов, подчеркнутые разноцветными кометами, расцветка которых символизируют их родные места. Белый и красный тона повторяют цвета герба города Дмитрова, где много лет прожил Евгений Тарелкин, красный и зеленый – цвета национального флага Республики Беларусь, где родился Олег Новицкий. Желтая комета с синим хвостом символизирует штат Индиана – родину астронавта Кевина Форда. На пэтче фигурируют государственные флаги РФ и США, а также логотип Роскосмоса.
Аналогичный пэтч, только без фамилий, получили и дублёры.
