26 августа 2009 года. В монтажно-испытательном корпусе 254-й площадки космодрома Байконур специалистами ракетно-космической промышленности России проводится проверка ТПК «Союз ТМА-16» в безэховой камере.29 мая 2009 года. На площадку 112 космодрома Байконур доставлена ракета-носитель «Союз-ФГ», которая предназначена для запуска транспортного пилотируемого корабля (ТПК) «Союз ТМА-16». После выгрузки в монтажно-испытательном корпусе РН была переведена в режим хранения.
6 июня 2009 года. На совместной прессконференции Роскосмоса и компании Space Adventure было объявлено имя третьего члена экипажа корабля «Союз ТМА-16». Участником космического полёта станет канадский предприниматель Ги Лалиберте.
24 июня 2009 года. Руководитель Федерального космического агентства А.Н.Перминов утвердил эмблему экипажа корабля «Союз ТМА-16». Основой стал рисунок 14-летней Насти Местяшовой из села Сакмара Оренбургской области.
9 августа 2009 года. ТПК «Союз ТМА-16» доставлен в монтажно-испытательный корпус 254-й площадки. Корабль был выгружен из транспортировочного агрегата и установлен в стенд электроиспытаний. После проведения электроиспытаний расчеты РКК «Энергия» им. С.П.Королева» приступили к проверочным операциям.
26 августа 2009 года. В монтажно-испытательном корпусе 254-й площадки космодрома Байконур специалистами ракетно-космической промышленности России проводится проверка ТПК «Союз ТМА-16» в безэховой камере.
1 сентября 2009 года. На космодроме Байконур ТПК «Союз ТМА-16» специалисты предприятий космической отрасли России приступили к подготовке ТПК «Союз ТМА-16» к испытаниям на герметичность.
7 сентября 2009 года. В монтажно-испытательном корпусе 254-й площадки космодрома Байконур расчеты специалистов предприятий космической отрасли России завершили проверки на герметичность ТПК «Союз ТМА-16». После этого корабль был перевезен в стенд для дальнейших испытаний.
8 сентября 2009 года. Основной и дублирующий экипажи 21-й экспедиции к МКС приступили к сдаче предполетных экзаменов в Звездном городке. Экипажи вытянули экзаменационные билеты, в которых содержатся задания по отработке различных внештатных ситуаций и оказанию экстренной медицинской помощи. Основной состав работает на тренажере МКС, дублирующий - на тренажере космического корабля «Союз».
9 сентября 2009 года. Продолжилась сдача предполетных экзаменов экипажами основной и дублирующий 21-й экспедиции к МКС. Основной состав работает на тренажере космического корабля «Союз», дублирующий - на тренажере МКС.
10 сентября 2009 года. Межведомственная комиссия утвердила основной и дублирующий экипажи новой экспедиции на МКС, запуск космического корабля «Союз ТМА-16» назначен на 30 сентября.
В основной экипаж вошли:
Максим Сураев - командир корабля;
Джеффри Уильямс - бортинженер;
Ги Лалиберте - участник космического полёта.
Их дублерами назначены:
Александр Скворцов - командир корабля;
Шеннон Уолкер - бортинженер;
Барбара Барретт - участник космического полёта.
20 сентября 2009 года. В ночь с 19 на 20 сентября ТПК «Союз ТМА-16» был перевезен из монтажно-испытательного корпуса 254-й площадки на заправочную станцию 31-й площадки, где утром началась заправка компонентами топлива и сжатыми газами двигательной установки корабля.
В это же время в монтажно-испытательном корпусе 112-й площадки космодрома расчеты предприятий космической отрасли России выполняют сборку «пакета» ракеты-носителя «Союз-ФГ» - ко второй ступени стыкуются четыре блока первой ступени.
21 сентября 2009 года. Заправленный топливом и сжатыми газами ТПК «Союз ТМА-16» был доставлен в монтажно-испытательном корпусе космических аппаратов (МИК КА) для проведения заключительных операций подготовки.
23 сентября 2009 года. В МИК КА была проведена стыковка ТПК «Союз ТМА-16» с переходным отсеком.
24 сентября 2009 года. В монтажно-испытательном корпусе КА проведен авторский осмотр ТПК «Союз ТМА-16» и выполнена накатка головного обтекателя ракеты-носителя на космический корабль.
26 сентября 2009 года. Основной и дублирующий экипажи ТПК «Союз ТМА-16» провели контрольный осмотр корабля в стартовой конфигурации и ознакомились с доставляемым и возвращаемым оборудованием. Головной блок ракеты-носителя «Союз-ФГ» с ТПК «Союз ТМА-16» перевезен из МИК КА в монтажно-испытательный корпус ракет-носителей (МИК РН) на общую сборку.
27 сентября 2009 года. В МИК РН завершена общая сборка ракеты-носителя «Союз-ФГ» с головным блоком. В этот же день на заседании Технического руководства и Государственной комиссии принято решение о вывозе ракеты-носителя с ТПК «Союз ТМА-16» на стартовый комплекс и подготовке его к запуску, намеченному на 30 сентября.
28 сентября 2009 года. Осуществлен вывоз ракетно-космического комплекса «Союз» из монтажно-испытательного корпуса на стартовую площадку. Ракета-носитель «Союз-ФГ» с транспортным кораблем «Союз ТМА-16» установлена на ПУ № 5 площадки № 1.
30 сентября 2009 года в 07:14:45 UTC (11:14:45 мск) с ПУ № 5 площадки № 1 космодрома Байконур стартовыми командами предприятий Роскосмоса осуществлен пуск ракеты-носителя «Союз-ФГ» с ТПК «Союз ТМА-16» на борту. В 07:23 UTC (11:23 мск) космический корабль успешно отделился от последней ступени ракеты-носителя и вышел на околоземную орбиту с параметрами (информация ЦУПа):
2 октября 2009 года в 08:35:07 UTC (в 12:35:07 мск) ТПК «Союз ТМА-16» успешно пристыковался к Международной космической станции. Корабль причалил к агрегатному отсеку СМ «Звезда». Впервые за все время функционирования МКС к ней одновременно пристыкованы три российских корабля «Союз». После проверки герметичности отсеков корабля «Союз ТМА-16», герметичности стыковочного узла и выравнивания давления между станцией и кораблем в 11:20 UTC (в 15:20 мск) были открыты переходные люки.
21 января 2010 года Осуществлена перестыковка пилотируемого корабля «Союз ТМА-16» с агрегатного отсека служебного модуля «Звезда» на причал исследовательского модуля «Поиск». В 13 часов 03 минуты по московскому времени (10:03 GMT) «Союз ТМА-16» отделился от станции и затем отошёл от неё на расстояние около 30 метров. Операции по отводу корабля от станции, облёту её и последующей стыковке выполнял командир «Союза ТМА-16» Максим Сураев с использованием системы ручного управления. Вместе с ним на корабле в качестве бортинженера находился Джеффри Уильямс. На МКС оставались Олег Котов, Сёити Ногути и Тимоти Кример.
18 марта 2010 года. В 08:03:03 UTC (11:03:03 мск) космический корабль «Союз ТМА-16» с космонавтами Максимом Сураевым и Джеффри Уильямсом отстыковался от Международной космической станции и отправился в автономный полет.
18 марта 2010 года. В 10:32:59 UTC (13:32:59 мск) были включены тормозные двигатели космического корабля «Союз ТМА-16». Проработав 256 секунд они обеспечили сход корабля с орбиты.
18 марта 2010 года. В 11:24:22 UTC (14:24:22 мск) спускаемый аппарат корабля «Союз ТМА-16» совершил мягкую посадку на территории Казахстана в 57 км от г. Аркалык. Самочувствие космонавтов после приземления нормальное. Продолжительность полета Максима Сураева и Джеффри Уильямса составила .