25 марта 2016 года. На 211-м заводе завершилась сборка РН «Чанчжэн-2F» (CZ-2F) Y11 для запуска «Шэньчжоу-11» и начались ее электрические испытания. Испытания будут продолжаться около 2-х месяцев.26 сентября 2014 года начальник канцелярии Программы пилотируемой космонавтики Китая Ван Чжаояо в интервью агентству Синьхуа сообщил, что пилотируемый корабль «Шэньчжоу-11» совершит полет к орбитальной лаборатории «Тяньгун-2» в 2016 году.
12 января 2015 года заместитель главного конструктора пилотируемых космических программ Китая Ван Чжунгуй (Wang Zhonggui) в интервью Oriental Outlook сообщил, что пилотируемый корабль «Шэньчжоу-11» будет запущен в 2016 году.
5 марта 2015 года. Депутат Всекитайского собрания народных представителей (ВСНП), главный конструктор программы китайских пилотируемых космических кораблей Чжан Байнань сообщил, что космическая лаборатория «Тяньгун-2» и космический корабль «Шэньчжоу-11» будут запущены в 2016 году.
24 июля 2015 года. Главный конструктор пилотируемой космической программы Китая Чжоу Цзяньпин (周建平) сообщил, что орбитальная лаборатория «Тяньгун-2» и пилотируемый корабль «Шэньчжоу-11» будут запущены в 2016 года с помощью ракеты-носителя CZ-2F. В соответствии с программой полета, длительность полета корабля «Шэньчжоу-11» будет больше, чем во время экспедиций на «Тяньгун-1».
7 января 2016 года в информационном сообщении агентства China Space News, размещенном на сайте Китайской корпорации аэрокосмической науки и техники (China Aerospace Science and Technology Corporation - CASC) подтверждены планы запуска пилотируемого корабля «Шэньчжоу-11» в в 2016 году.
28 февраля 2016 года в информационном сообщении агентства Xinhua было сообщено о планах запуска пилотируемого корабля «Шэньчжоу-11» в 4-м квартале 2016 года. При этом впервые отмечено, что экипаж корабля составят не три, а только два астронавта.
1 марта 2016 года в статье в издании sohu.com со ссылкой на представителя Китайской программы пилотируемых полетов У Пин отмечено, что полет корабля «Шэньчжоу-11» планируется длительностью до 30 дней, и что оба астронавта будут мужчинами.
25 марта 2016 года. На 211-м заводе завершилась сборка РН «Чанчжэн-2F» (CZ-2F) Y11 для запуска «Шэньчжоу-11» и начались ее электрические испытания. Испытания будут продолжаться около 2-х месяцев.
8 апреля 2016 года в статье на сайте China News Service (CNS) со ссылкой на заместителя директора пекинского ЦУПа Ли Цзянь (李剑) сообщено о планах запуска пилотируемого корабля «Шэньчжоу-XI» в октябре 2016 года.
26 июня 2016 года представитель программы пилотируемых космических полетов КНР У Пин сообщила, что запуск пилотируемого корабля «Шэньчжоу-11» состоится в середине октября 2016 года, а его возвращаемый аппарат вернется на Землю в ноябре. Кроме того, она сообщила, что экипаж китайского пилотируемого космического корабля уже утвержден и проходит интенсивную подготовку к полету. Запуск состоится с помощью ракеты-носителя «Чанчжэн-2F» (CZ-2F).
6 августа 2016 года на космодром Цзюцюань прибыли ракеты-носители «Чанчжэн-2F» (CZ-2F), предназначенные для запуска лаборатории «Тяньгун-2» и корабля «Шэньчжоу-11».
13 августа 2016 года на космодром Цзюцюань доставлен корабль «Шэньчжоу-11».
10 октября 2016 года ракета-носитель «Чанчжэн-2F» с кораблем «Шэньчжоу-11» вывезена из монтажно-испытательного корпуса на стартовый комплекс.
13 октября 2016 года Центральное телевидение Китая (CCTV) сообщило, что запуск корабля «Шэньчжоу-11» запланирован на 17 октября.
14 октября 2016 года официально сообщается, что оба экипажа по двое мужчин-космонавтов находятся в карантине и проводят заключительные интенсивные тренировки. Состав экипажа будет определен за день до старта.
15 октября 2016 года. Объявлено, что 16 октября в 9:00 по пекинскому времени (01:00 UTC, 04:00 мск) в прямом эфире будет показана пресс-конференция с космонавтами. Запуск состоится 17 октября в 7:30 по Пекину (16 октября в 23:30 UTC, 17 октября 2:30 мск).
17 октября 2016 года. Запуск состоялся 17 октября в 07:30:31.409 по пекинскому времени (02:30:31.409 мск, 16 октября в 23:30:31.409 UTC) с космодрома Цзюцюань, площадка №43, пусковая установка №91, с помощью ракеты-носителя «Чанчжэн-2F». Прямую трансляцию запуска вело Центральное телевидение Китая (CCTV).
19 октября 2016 года. Проведена успешная стыковка корабля «Шэньчжоу-11» с лабораторным модулем «Тяньгун-2». По сообщению Пекинского центра контроля за полетами, прошла в автоматическом режиме в 03:23:45 по пекинскому времени (18 октября в 22:23:45 мск, 19:23:45 UTC) на высоте 393 км над Землей. В то же время по сообщению русскоязычного канала CCTV, последние 30 метров экипаж прошел в ручном режиме.
23 октября 2016 года. С борта космической лаборатории «Тяньгун-2» запущен микроспутник Banxing-2 («Баньсин-2»), на котором установлены фото- и видеокамеры, работающие в оптическом и инфракрасном диапазоне.
25 октября 2016 года. С помощью установленной на микроспутнике «Баньсин-2» камеры высокого разрешения, снимающей в оптическом диапазоне волн, получено HD изображение модуля «Тяньгун-2» с пристыкованным к нему кораблем «Шэньчжоу-11».
17 ноября 2016 года. В 12:41 по пекинскому времени (04:41 UTC, 07:41 мск) корабль «Шэньчжоу-11» отстыковался от космической лаборатории «Тяньгун-2».
18 ноября 2016 года. В 13:11:22.156 по пекинскому времени (05:11:22 UTC, 08:11:22 мск) проведено отделение орбитального модуля, а в 13:34:17 по пекинскому времени произошло разделение спускаемого аппарата и приборно-агрегатного отсека корабля «Шэньчжоу-11». В 13:59 по пекинскому времени (05:59 UTC, 08:59 мск) спускаемый аппарат успешно приземлился в степи Амугулан в уезде Сыцзыванци в центральной части автономного района Внутренняя Монголия в точке с координатами 42°29'11.7" с.ш., 112°42'57.36" в.д. на территории хошуна Сунид-Юци вблизи фермы Чаганьхушу (При этом по сообщению на форуме журнала «Новости космонавтики» перелет относительно заданной точки посадки составил свыше 100 км.).
Продолжительность полета составила