Корабль Shenzhou-1 был запущен 20 ноября 1999 года в 6 часов 30 минут по пекинскому времени (19 ноября 22:30 GMT) ракетой-носителем CZ-2F с космодрома Цзюцюань (Jiuquan) на северо-западе Китая. Корабль был успешно выведен на околоземную орбиту, после чего он совершил 14 витков вокруг земного шара и 21 ноября в 3 часа 41 минуту по пекинскому времени спускаемый аппарат совершил посадку (см. фото) в районе Внутренней Монголии на территории Китая. Таким образом, длительность полета составила 21 час 11 минут.
Согласно более поздним сообщениям, в спускаемом аппарате был помещен манекен, имитирующий космонавта, и поддерживалась та же атмосфера, какая должна быть при наличии в нем экипажа.
При посадке на высоте 30 км был введен в действие вытяжной парашют, а на высоте 1,5 метра сработали двигатели мягкой посадки.